学校设有6所医院、7个学院，含有国家重点一级学科2个、博士学术学位一级学科授权点7个、硕士学术学位一级学科授权点3个、本科专业2个；有在校生6102人，其中博士生1629人、硕士生1920人、本科生906人、专科生236人、成人教育1411人。
学校前身是美英基督教教会于1906年共同创办的协和医学堂。1912年，改称协和医学校。1917年，成立北京协和医学院。1919年，改名北京协和医科大学。1929年，更名私立北平协和医学院。1951年1月，学校由中央人民政府教育部和卫生部接管，且改名为中国协和医学院。历经传承与发展，学校先后更名为中国医科大学、中国首都医科大学和中国协和医科大学。2006年定名北京协和医学院。
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