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北京工商大学生物工程专业办学历史悠久，其前身是原北京轻工业学院于1958 年创建的、国内最早的发酵工程专业， 1983 年更名为生物化工专业，1998 年调整名称为生物工程专业。本专业在2003 年获得生物化工硕士学位授予权，2016 年获得发酵工程硕士学位授予权，是北京工商大学重点建设学科。

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