具有两对(或更多对)相对性状的亲本进行杂交,在F1产生配子时,在等位基因分离的同时,非同源染色体上的非等位基因表现为自由组合,这就是自由组合规律的实质，也就是说,一对等位基因与另一对等位基因的分离与组合互不干扰,各自独立地分配到配子中。
基因的自由组合定律，或称基因的独立分配定律，是遗传学的三大定律之一(另外两个是基因的分离定律和基因的连锁和交换定律)。它由奥地利遗传学家孟德尔(G.J.Mendel，1822-1884)经豌豆杂交试验发现。同源染色体相同位置上决定相对性状的基因在形成配子时等位基因分离，非等位基因自由组合。
孟德尔在做两对相对性状的杂交实验时发现，基因分离比为9:3:3:1。图中黄色圆粒:绿色圆粒:黄色皱粒:绿色皱粒=9:3:3:1这一结果表明，它是由两对基因分别由基因的分离定律独自分离的比例3:1产生的。 在真核生物中，自由组合在减数分裂的第一次分裂后期发生。
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