上海海关学院前身为创建于1953年的上海海关学校;1980年5月,经国务院批准,升格为上海海关专科学校;1996年4月,原国家教委批准学院更名为上海海关高等专科学校;2007年3月,经教育部批准,设立上海海关学院,成为新设置的全日制普通高等学校,海关高等教育事业翻开了崭新的篇章;2011年获得学士学位授予权。2012年12月,被国务院学位委员会正式批准为“服务国家特殊需求人才培养项目”--学士学位授予单位开展培养专业硕士学位研究生的试点工作单位;2013年9月,首届税务专业硕士研究生入学,开始了专业硕士研究生培养。2014年11月学校通过教育部本科教学工作合格评估。2018年4月国务院学位委员会批准学院成为硕士学位授予单位和公共管理以及税务